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Du hast doch geschrieben, daß zeitweilig nach einem Neustart zunächst alles normal lief. Wäre die HDD rein mechanisch defekt, hättest du sicherlich von Anfang an Probleme. Ich denke eher, daß da Unterbrechungen stattfinden, die dazu führen, die Köpfe zu irritieren. Daher mein Tipp, eine dieser Festplatten einmal woanders zu betreiben. Ich glaube eigentlich nicht mehr, daß es an den Platten selbst liegt.
Kauf dir noch 3 und du hast garantiert mit den 3en das gleiche Problem...

Und wenn du uns deine Hardwareconfiguration veraten hättest, hätte man mehr dazu sagen können...